Το Αγκίστρι δεν κατέχει βέβαια καμμιά σημαντική θέση στην Ιστορία, αλλά έχει μια σημαντική γεωγραφική θέση που το βάζει στο κέντρο μιας ευρύτερης περιοχής με μεγάλο ιστορικό βάρος για την Ελλάδα.

Η μοίρα ήταν από αρχαιοτάτων χρόνων συνδεδεμένη με τις γειτονικές του περιοχές και μάλιστα την Αίγινα. Πρέπει να κατοικείται από τα προϊστορικά χρόνια, αλλά πρώτη αναφορά του έχουμε στον Ομηρο, με την ονομασία Κεκρυφάλεια, δηλαδή... σκουφί.

Είναι σίγουρο ότι, όπως και τα άλλα νησιά της περιοχής, πρέπει να ταλαιπωρήθηκε πολύ από την πειρατεία και ότι συχνά θα λειτούργησε σαν καταφύγιο διωγμένων πληθυσμών από την ενδοχώρα.

Τον 17ο αι. ερημώθηκε λόγω της πειρατείας και ξανακατοικήθηκε στα χρόνια της Ελληνικής Επανάστασης του 1821. Το 1835 ιδρύθηκε η Κοινότητα Αγκιστρίου, με πληθυσμό τότε 248 κατοίκους.