Οι Σπέτσες αποτελούν γεωγραφικό τμήμα της Αργολίδας, μιας περιοχής με τεκμηριωμένη προϊστορική κατοίκηση. Μάλιστα μέχρι το τέλος της τελευταίας παγετωνικής περιόδου (πριν 10.000 χρόνια περίπου) οι Σπέτσες δεν ήταν νησί, αλλά μέρος της αργολικής χερσονήσου. Επόμενο είναι να θεωρούμε ότι το νησί έχει ανθρώπινη παρουσία από πολύ παλιά. Πάντως η δτενή του γειτνίαση με την πλούσια αργολική ενδοχώρα φαίνεται ότι ήταν και η αιτία να μην αναπτυχθεί ποτέ ιδιαίτερα. Αλλωστε και η αρχαία του ονομασία, "Πιτυούσα", μάλλον δηλώνει ότι ήταν καλυμμένο από πευκοδάση και δεν υπήρχαν σε αυτό αξιόλογοι οικισμοί.

Τον 15ο αι. εποικίσθηκαν από αλβανόφωνους χριστιανούς, πρόσφυγες των ενετικών περιοχών της Πελοποννήσου που έπεσαν στα χέρια των Τούρκων. Αργότερα τους ακολούθησαν πληθυσμοί από την Τσακωνιά, την Αργολίδα και την Ερμιονίδα. Ο αρχικός μεσαιωνικός οικισμός βρισκόταν στο Καστέλι, βορειοδυτικά της σημερινής πόλης.

Οι Σπετσιώτες πήραν μέρος στην επάνάσταση του 1770 (Ορλωφικά) και σαν αποτέλεσμα υπέστησαν καταστροφική τιμωρία από τους Τούρκους. Η καταστροφή του παλιού οικισμού έφερε τους Σπετσιώτες στην παραλία, όπου και έκτισαν την σημερινή πόλη. Στην επανάσταση του 1821 οι Σπέτσες ήταν μεγάλο ναυτικό κέντρο του αγώνα και συνέβαλαν πολύ σε αυτόν. Κορυφαία μορφή των Σπετσών στον αγώνα ήταν βέβαια η Λασκαρίνα Μπουμπουλίνα, η οποία διέθεσε όλην την αμύθητη περιουσία της σε αυτόν και αγωνίσθηκε η ίδια προσωπικά σε πολλές μάχες μαζί με τα καράβια της.

Μετά την απελευθέρωση οι Σπέτσες συνέχισαν να διακρίνονται σαν ναυπηγικό και ναυτιλιακό κέντρο της σύγχρονης Ελλάδας μέχρι τον 20ο αι.